وجه تسمیه بنا گنبد مزین به کاشی کاری فیروزه‌ای متمایل به سبز آن می‌باشد. پلان گنبد سبز ۸ ضلعی و دارای ۴ ایوان است. علاوه بر ایوان و طاق نما ها، کاشی کاری زیبای آن به بقعه جلوه خاص بخشیده است. گنبد سبز، مدفن شیخ محمد مومن عارف می‌باشد که احتمالا در سال ۱۰۳۶ قمری بنیان و در سال های ۱۰۵۵ و ۱۰۵۸ تکمیل و تزئین شده است.

بنای اصلی و نخستین بقعه در نیمه دوم قرن سوم هجری قمری، توسط محمد پسر زید داعی علوی‌ تعمیر اساسی شد.درگاه اصلی ورودی بنا که در سمت شمال قرار دارد، برای نخستین بار در زمان پادشاهان آل بویه و سپس در دوره قاجار به یاری مجد الملک قمی کامل شد.

با گذشت زمان‌، متعلقات دیگری هم بنای فوق افزوده شد تا به صورت مجموعه بزرگ کنونی درآمد. در حال حاضر، بنا مشتمل بر حرم‌های متعدد، رواق‌ها، مسجدها، ایوان‌ها و صحن‌ها است‌. در دوره صفویه‌، بناهای اطراف به آن افزوده شد و در دوره قاجار، به دلیل نزدیک بودن به پایتخت‌، توجه بیش‌تری به آن شد و بیش‌تر بناهای وابسته به حرم عبدالعظیم و امام‌زاده زید در این دوره تکمیل و تزیین شد.

از ويژگي هاي  خاص اين مسجد نداشتن صحن و مناره كه در تمامي مساجد اسلامي جزء لاينفك بنا است،چرخش ۴۵ درجه اي كه از محور شمال به جنوب نسبت به محور قبله دارد ،گنبد كم ارتفاع مسجد،محراب بي بديل مسجد وكتيبه هاي نفيس و طره هاي سر در كه درون گلدان مرمرين جاي گرفته اند، است .